พระเจดีย์วัดบวรนิเวศวิหารตั้งอยู่สง่างามด้านหลังพระอุโบสถ ระหว่างหอไตรกับศาลาการเปรียญ ใกล้กับถนนบวรนิเวศ ทุลกระหม่อมพระ (เจ้าฟ้าใหญ่ หรือท่านใหญ่ ต่อมาเถลิงถวัลย์ราชสมบัติเฉลิมพระนามว่า พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว) ทรงออกแบบและสร้างพระเจดีย์ตามพระนิยม

เอกสารเก่าบันทึกการสร้างดังนี้:

“พระเจดีย์นั้นมีสันฐานกลมหรือที่เรียกว่าลอมฟาง มีคูหาข้างในเข้าไปได้ มีชั้นทักษิณ ๒ ชั้น เปนสี่เหลี่ยม ฐานพระเจดีย์ชั้นบนโดยอ้อมรอบ ๒๔ วา ๓ ศอก ๕ นิ้ว คำนวณตามเกณฑ์นี้ ส่วนสูงแห่งพระเจดีย์ตั้งแต่ตอนนี้ขึ้นไปตลอดยอด ประมาณว่า ๒๒ วาเศษ ฐานล่างสูง ๓ ศอก โดยอ้อม ๒๗ วา ๓ นิ้ว ทั้กษิณชั้นบนสูง ๑ วา ๑ ศอกคืบ ๗ นิ้ว ทั้กษิณชั้นล่าง ๓ ศอกคืบ ๘ นิ้ว เข้ากันเปนส่วนสูงแห่งพระเจดีย์ ๒๕ วาเศษ เหลี่ยมแห่งทักษิณไม่เท่ากัน คิดถัวชั้นบนด้านละ ๑๑ วาเศษ ชั้นล่าง ๑๕ วา ๒ ศอกเศษ ที่องค์พระเจดีย์มีซุ้ม ๔ ซุ้ม เปนทางเข้า ๑ ซุ้ม เปนทางแห่งแสงสว่าง ๓ ซุ้ม ที่ทักษิณชั้นบนมีซุ้มยอดปราง ๔ มุม ประดิษฐานพระพุทธรูปยืน มีเก๋งเล็กอยู่ด้านเหนือ ประดิษฐานพระไพรีพินาศ เปนพระพุทธรูปศิลาขนาดย่อม น่าตัก ๑ คืบ ๔ นิ้ว สูงตลอดพระรัศมี ๑ ศอก มีเศษไม่ถึงนิ้ว ที่ทักษิณชั้นล่างมีทิมคดหลังคาเก๋ง ๔ มุม มีกำแพงล้อม มีประตูทางด้านตะวันออกแลด้านตะวันตกด้านละ ๒ ช่อง ในคูหาพระเจดีย์ประดิษฐานพระเจดีย์กาไหล่ทองฐานศิลาสลักเรื่องปฐมสมโพธิ์ ข้างในนั้นได้ยินว่าบัญจุพระบรมธาตุมีพระสถูปหรือกระโจมทำด้วยของต่างชนิดสวมเปนชั้นๆกัน อไรบ้างหาทราบไม่ มีแจ้งในหมายรับสั่งรัชการที่ ๓ ว่าเมื่อปีมโรง ฉศก จ.ศ. ๑๒๐๖ เดือน ๘ อดราษาฒ ขึ้น ๕ ค่ำ กรมหมื่นณรงค์หริรักษ์รับสั่งให้ช่างหล่อช่างบุกลึงพระเจดีย์ลังกาอันจะเชิญไปไว้ที่วัดบวรนิเวศ น่าจะได้แก่พระเจดีย์องค์นี้ ที่ช่องคูหาแห่งหนึ่งประดิษฐานพระเจดีย์ศิลาองค์ย่อมบัญจุแผ่นศิลาจารึกพระพุทธวจนะเปนอุเทสิกเจดีย์”